Au cours d’un processus d’optimisation qui s’est déroulé sur plusieurs années (2001–2007) l’Office des ponts et chaussées du canton de Berne (OPC), les représentants des autorités locales et l’Office fédéral des routes (OFROU) ont défini ensemble les exigences auxquelles devait répondre la jonction de Bienne Centre. Vu que Bienne Centre doit être construit dans des secteurs urbanisés, cette jonction pose des défis particuliers, aussi bien au niveau de l’urbanisme que du trafic. Par ailleurs, il faut résoudre le problème du bruit et il faut tenir compte du fait que cet ouvrage, complexe, doit être construit dans un terrain problématique et dans la nappe phréatique. Le projet actuel de la branche Ouest prévoit la construction de la jonction de Bienne Centre sur 200 m à ciel ouvert. Cette solution représente des défis importants en matière d’urbanisme. La situation dans le secteur où serait implanté la jonction de Bienne Centre, peut être simplifiée en situant l’entrée sur l’A5 depuis la rive droite du lac aux Marais-de-Brügg (via le tunnel de Port), et non plus à Bienne Centre (via passage sous le canal de la Thielle) comme prévu initialement.